• 雑誌:BIOINDUSTRY(バイオインダストリー)
  • 出版社:シーエムシー出版
  • 発行間隔:月刊
  • サイズ:B5判
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BIOINDUSTRY(バイオインダストリー) 2004年9月号 (発売日2004年08月12日)

シーエムシー出版
特集:システム生物学の最前線

BIOINDUSTRY(バイオインダストリー) 2004年9月号 (発売日2004年08月12日)

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特集:システム生物学の最前線

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BIOINDUSTRY(バイオインダストリー) 2004年9月号 (発売日2004年08月12日) の目次

CONTENTS 9月号

特集:システム生物学の最前線
 -特集にあたって-
 生命システムの解明と応用に向けて・・・・・・・・・・・・・・・・5
 Frontier of the Systems Biology-Towards the Understanding of Life Systems-

                            八尾 徹

 Toru Yao  (独)理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター 


--------------------------------------------------------------------------------
 癌のシステムバイオロジー-腫瘍頑健性理論とは?-・・・7
 Cancer Systems Biology:Topics from the Theory of Cancer Robustness

                           北野宏明

 Hiroaki Kitano  (株)ソニーコンピュータサイエンス研究所 取締役副所長
           特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構 会長
           慶應義塾大学 理工学研究科 客員教授 

 システムバイオロジーは,生命のシステムレベルでの解明を目的とする研究分野である。そこでは,
生命システムのロバストネスの理解が重要な理論的課題となる。この研究分野の発展によって,癌と
いう疾病のロバストネスという観点からの再検討を通じ,治療への道筋が構築されることが期待され
る。本稿では,筆者の提案する腫瘍頑健性理論を中心に,癌のシステムバイオロジーを議論する。

~目次~
1.はじめに
2.システムバイオロジーにおけるロバストネス
3.癌のロバストネス
4.細胞周期ダイナミクスとその制御
5.おわりに

--------------------------------------------------------------------------------
 細胞シミュレーションの最前線
 -微生物のシステム解析とその応用-・・・・・・・・・・・・16
 Frontiers of Cell Simulation:Systematic Analysis and its Applications for Microorganisms

 
                            石井伸佳 *1  冨田 勝 *2

*1  Nobuyoshi Ishii  慶應義塾大学 先端生命科学研究所
            同大学 大学院政策・メディア研究科 大学研究員
*2  Masaru Tomita  慶應義塾大学 先端生命科学研究所 所長;同大学 環境情報学部 教授

 微生物は古くより産業的な利用が盛んに行われており,工学的な扱いを行うためのモデリング/
シミュレーションの歴史も長い。一方,近年では各種微生物の全ゲノム解読や,代謝データベースの
充実,分析手段の発達,および計算を実行するコンピューターの高性能化などを背景として,より高
度なモデリングが行われるようになってきた。本稿では,微生物シミュレーションに関する過去の事
例や最近の話題を概説した上で,慶應義塾大学先端生命科学研究所における大規模な微生物モデル構
築の試みについて述べる。

~目次~
1.はじめに
2.微生物の数理モデル
3.E-Cellプロジェクト
4.おわりに


--------------------------------------------------------------------------------
 動的で複雑な生命現象のシステム同定
 -体内時計の解析とその応用-・・・・・・・・・・・・・・・・・・25
  System Identification of Complex and Dynamic Biological Phenomena
  :Analysis of Mammalian Circadian Clocks and Application for Human Rhythm Disorders

                              上田泰己

 Hiroki R. Ueda  (独)理化学研究所 発生再生科学総合研究センター システムバイオロジー
           研究チーム チームリーダー

 2003年のヒトゲノムプロジェクトの完全解読に象徴されるように,大腸菌,出芽酵母,分裂酵母,
線虫,ショウジョウバエ,シロイヌナズナ,イネ,マウス,ラット,ヒトなどの数多くのモデル生物
のゲノム配列が次々と決定されており,進行中および終了プロジェクトを合わせると,ゆうに1,000を
超えるゲノムプロジェクトが存在する。このような動きを背景にして生命科学分野全般で分子からシス
テムへとパラダイムシフトが起きている。本稿では,システム生物学の4分野(システム同定,システ
ム解析,システム制御,システム設計)の中でも特にシステム同定の分野について解説し,体内時計を
例にとりながらゲノムスケールの情報・リソース・技術を用いて動的で複雑な生命現象を解明していく
ための研究戦略について現状と課題を報告する。またこれらの研究戦略のヒト体内時計研究への応用に
ついても概説する。


~目次~
1.なぜシステム生物学か?
2.システム生物学とは何か?
3.いかにシステムとして理解するのか?
4.ゲノムスケールの情報・リソース・技術を用いたシステム同定戦略
 4.1 ゲノムスケールの発現解析
 4.2 ゲノムスケールのプロモータ解析
 4.3 In vitroダイナミクス解析
 4.4 ゲノムスケールの制御因子解析
 4.5 In Vitro表現系解析
5.システム同定戦略の今後の展望
 5.1 体内時計以外の生命現象への応用:プロモータデータベースの構築
 5.2 転写以外のネットワークへの応用
6.ヒト体内時計解析への応用
7.おわりに


--------------------------------------------------------------------------------
 代謝ネットワークの解析法
 -ユーザが自由に編集できる代謝マップ-・・・・・・・・・34
 Analyzing Metabolic Networks

                            有田正規

 Masanori Arita  東京大学 大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 助教授
          慶應義塾大学 先端生命科学研究所
          経済産業省 生命情報科学研究センター 

 代謝ネットワークは,細胞内の道路地図のようなものである。しかし,右左折の禁止や一方通行が
多いため,そのルート検索は困難を極める。そこで代謝の研究者はだいたい,自分なりの「My マップ」
を持っている。本稿では,こうしたMyマップを容易に作成でき,カーナビ機能までついた代謝用マップ
エディタを紹介する。ソフトウェアは http://www.metabolome.jp/で無償公開されている。


~目次~
1.はじめに
2.代謝経路とは何か
3.経路から描く代謝マップ
4.構造変化から捉える代謝ネットワーク
5.おわりに


--------------------------------------------------------------------------------
 In silicoシミュレーションモデルを用いた細胞周期制御因子の機能解析・・・40
  Functional Analysis of Cell-cycle Regulating Molecules using In-silico Simulation Model

                   小谷秀示 *1  小長谷明彦 *2

*1  Shuji Kotani   東京医科歯科大学 難治疾患研究所 分子細胞遺伝分野
           同大学21世紀COEプログラム 歯と骨の分子破壊と再構築のフロンティア
           特任助教授 
*2  Akihiko Konagaya  (独)理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター(GSC) 
              ゲノム情報科学グループ プロジェクトディレクター 

 生物学的な莫大な情報を体系化し,機能予測できる方法として生体分子ネットワークシミュレーション
を用いる技術が開発されている。筆者らは,生体内の定性・定量的な変化を簡単な記述で表現できる情報
処理技術としてペトリネットに着目し,生体内の微妙な変化を正確に予測することを試みた。本稿では,
ペトリネットを用いたヒト体細胞周期モデルについて,シミュレーションの結果を示すことで生物学者が
システムバイオロジーに何を求めているかを論じる。


~目次~
1.はじめに
2.ペトリネットとは
3.細胞周期
4.Cdkによる細胞周期制御
5.転写調節による細胞周期制御
6.細胞周期エンジンのペトリネット化
7.シミュレーションによる機能予測
8.おわりに


--------------------------------------------------------------------------------
 計算細胞生物学
-細胞構造の時間的空間的変化のメカニズムと役割の解明-・・・・52
  Computational Cell Biology-Mechanisms and Roles of Dynamics of Cellular Structures.

                               大浪修一

 Shuichi Onami   慶應義塾大学 大学院理工学研究科 助教授
          科学技術振興機構 バイオインフォマティクス推進事業 代表研究者 

 細胞構造の時間的空間的な変化のメカニズムとその役割を解明することは,生物の理解と利用に
不可欠である。本稿では,細胞構造の時間的空間的な変化のメカニズムとその役割の解明を通じて,
生物のシステムの理解を目指して進めている筆者らの研究の中から,減数分裂中の相同染色体の対合
過程におけるテロメアと核運動の役割の研究,雄性前核を受精卵の中央に配置するメカニズムの研究,
遺伝子ノックアウト胚の定量的細胞分裂パターン計測プロジェクトについて簡単に解説する。このよ
うな計算細胞生物学的なアプローチは,多細胞生物の発生等の高次な生命プロセスを対象としたシス
テム生物学研究の1つの軸となっていくと考えている。


~目次~
1.はじめに
2.減数分裂中の相同染色体の対合課程におけるテロメアと核運動の役割
3.雄性前核を受精卵の中央に配置するメカニズム
4.遺伝子ノックアウト胚の定量的細胞分裂パターン計測プロジェクト
5.おわりに


--------------------------------------------------------------------------------
 システム生物学の欧米動向
 -ゲノム・タンパク質・ネットワーク解析からシステム生物学へ-・・・61
  World Trends of System Biology-From Genome, Protein and Network in systems Analysis

                          八尾 徹

 Toru Yao   (独)理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター 

 ポストゲノムの大きな方向として,生命現象をシステムとして理解しようとする「システム生物学」
が急速に重要性を増してきている。そのためには多くの多様な専門家が結集する必要があり,各国に
おいてその推進策が強化され,研究所・研究センター・学科の設立が相次いでいる。そのような世界
の動向を紹介する。

~目次~
1.はじめに
2.システム生物学元年
 (1)Science Special lssue:Systems Biology
 (2)Nature Insight:Computational Biology
3.米国・欧州の施策
 3.1 NIGMS(National Imstitute of General Medical Sciences)の施策
 3.2 DOE(Department of Energy)の施策
 3.3 欧州の動き-Cell Factory-b Model Life
 3.4 MOL(Model of Life)-EU/USAワークショップ
4.プロジェクト,学科・センターの設立
 4.1 細胞情報伝達システム研究コンソーシアムAFCS(www.afcs.org)
 4.2 QB3センター(UC San Francisco,Berkeley, Santa Cruz)の設立
 4.3 MIT,Hervard Columbia,Princeton,UCSD
 4.4 Institute for Systems Biology(シアトル)
 4.5 Memorial Sloan kettering Cancer Center(ニューヨーク)
5.おわりに

--------------------------------------------------------------------------------
BIO R&D
 DNA2次元電気泳動自動化システムの開発・・・・・・・68
  Development of the Automated DNA Two-dimensional Electrophoresis System and the Electrophoresis Image Scanner

                 中野幸一 *1  井上智実 *2  米沢裕司 *3

*1  Kouichi Nakano  石川県工業試験場 電子情報部 部長  
*2  Tomomi Inoue   石川県工業試験場 化学食品部 研究  
*3  Yuji Yonezawa   石川県工業試験場 電子情報部 主任技師  

 DNA2次元電気泳動(RLGS法)は遺伝子解析の有用な手法の1つであるが,従来は作業が長時間に
わたり熟練を要したり放射性物質を必要としたりするなどの問題があった。そこで,これらの問題を
解決するために,手作業で行っていた泳動の工程を自動的に行う2次元電気泳動自動化装置と,電気
泳動後のDNAのパターンを自動的に読み取る電気泳動パターン自動読み取り装置を開発した。本稿では,
これらの装置の概要について述べる。


~目次~
1.はじめに
2.DNA2次元電池電気泳動自動化装置
 2.1 DNA2次元電気泳動自動化装置の概要
 2.2 2次元電気泳動の工程
 2.3 2次元電気泳動結果の例
3.電気泳動パターン自動読み取り装置の開発
 3.1 装置の概要
 3.2 装置の特徴
 3.3 システムの性能評価
4.おわりに

--------------------------------------------------------------------------------
連載:宇宙環境を利用したバイオ技術(第4回)
 高品質タンパク質結晶成長への宇宙環境の利用・・・・・・75
 Utilization of Space Environment for Growing High-Quality Protein Crystals

                              高橋幸子*1  田仲広明*2

*1  Sachiko Takahashi   (財)宇宙環境利用推進センター 宇宙実験推進部 研究員
*2  Hiroaki Tanaka     (財)宇宙環境利用推進センター 宇宙実験推進部 客員研究員

 現在,宇宙航空研究機構(JAXA)が中心となり推進しているJAXA-GCFプロジェクトでは,継続的・
安定で簡便な宇宙実験機会の提供を目指している。今後,これまでに獲得したノウハウを生かして,
宇宙環境がより有効に利用できるように宇宙実験実施体制を整備していくことが重要である。


~目次~
1.はじめに
2.宇宙環境の結晶成長への効果
 2.1 密度差流の抑制
 2.2 微結晶の沈降抑制
 2.3 その他の効果
3.これまでの宇宙実験
4.タンパク質構造・機能解析のための高品質タンパク質結晶生成プロジェクト
  (JAXA-GCFプロジェクト)
 4.1 プロジェクト概要
 4.2 Granada Crystallization Box(GCB)
 4.3 これまでの宇宙実験結果
5.α-アミラーゼを用いた宇宙環境での結晶化実験
 5.1 α-アミラーゼについて
 5.2 結晶化条件
 5.3 結晶化実験
 5.4 X線回析結果
6.これからの宇宙実験

--------------------------------------------------------------------------------
BIO INFORMATION ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・84

BIOINDUSTRY(バイオインダストリー) 雑誌の内容

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【特集】
〇開眼!ジェイムズ・ウェッブ宇宙望遠鏡[前編]/塚田 健
7月11日から12日にかけて、ジェイムズ・ウェッブ宇宙望遠鏡(JWST)の最初の科学観測データが公開されました。可視光で観測したハッブル宇宙望遠鏡(HST)の後継ともいえるJWSTは赤外線での観測を行います。開発からおよそ25年、多くの困難を乗り越えて撮影された画像と観測データ、JWSTの概要を詳しく紹介します。後編ではHSTをはじめとした宇宙望遠鏡の活躍を紹介予定。



〇明け方の空で見られた惑星集合
今春から明け方の空で複数の惑星が集合する様子が見られました。5月~6月にかけても惑星同士の接近・集合する様子が見られ、とくに6月18~27日にかけては、水星、金星、天王星、火星、木星、海王星、土星が集合する、貴重な光景が見られました。編集部に届いた写真をギャラリーページで紹介します。



〇星空を楽しむ&昼間も楽しむ アストロキャンプ/荒井裕介、井川俊彦、編集部
キャンプをしながら星空観望。キャンプに来たからには昼間のアクティビティも楽しんでしまおうという不定期企画「アストロキャンプ」。今回は注目のデジタル天体望遠鏡eVscopeを使って電視観望に初挑戦&昼間は野草摘みをするというユル~いプラン…の予定が、夏ならではの不測の事態が次々と発生。今回のアストロキャンプ、成立するのか!?



〇スマート望遠鏡Vespera(ヴェスペラ)登場/沼澤茂美
サイトロンジャパンが取り扱いを開始するフランスVaonis社のデジタル天体望遠鏡Vespera(ヴェスペラ)。予備知識なしでも、簡単な操作で星雲・星団や銀河に望遠鏡を向け、スタックした天体像を観ることができる「スマート望遠鏡」です。軽量・コンパクトかつリーズナブな本機に要注目です。



毎月の天文現象と、新製品のニュースをお伝えします。

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目次: ■特集

・ねじソムリエが解決!
 ねじの困りごと7
 諸橋 正己(株式会社リネックス)
 身近な部品であるねじを使用する際の“困りごと”について,代表的な例を取り上げ,その原因や仕組み・注意点を解説し,解決策をまとめた.

■解説

・脱炭素社会に向けた現場の電力デマンド管理[前編]
 木下 敬雄(ダイキン工業株式会社)
 ビル設備管理に携わる者として,日常における脱炭素社会に向けた現場での電力デマンド管理について,その方策を探る.

・建物管理とセンサー技術
 石川 敏行(石川技術士事務所)
 センサーの建物管理における技術応用や関連するリスク,今後の動向などを紹介する.

■ライセンス

ビル管理試験直前対策 3号連続90問ミニテスト/レベル3

■ニュースラインナップ

・大阪市北区ビル火災に関する報告書を公表
・―火災原因の調査結果と今後の防火・避難対策が明らかに―
・施設管理者のための防災性能確保ガイドブック
・「スマート保安技術カタログ」を公開

■フォトギャラリー

丸の内熱供給株式会社(大手町センター/Otemachi Oneサブプラント)

■道草の拾い読み

東京・新宿区 東京オペラシティコンサートホール

■連載

・事例に学ぶ設備お悩み相談室/95. 配管圧力線図を活用したポンプのエア噛み対策
・のぞき窓を閉めないで/暴走老人にはなりたくないなー!
・完全図解 電子回路とディジタル回路の基礎知識/第1編 電子回路/第5章 増幅回路
 13. バイアス回路
・マンションを100年持たせる再生シナリオ(実践編)/61. 長期優良住宅化リフォーム推進事業を活用して再生できたマンション事例
・現場ではたらくビル管INTERVIEW/132. 吉元 翔太さん(株式会社サンケイビルマネジメント)
・けろさんの設備探訪記/12. 起雲閣探訪

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ビル・工場の設備を管理するエンジニアとマネージャのための専門誌

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目次: 特集「荒加工の高効率化に対応する切削工具と加工ワーク例」

●荒加工の高能率加工 求められる切削工具の機能と加工事例 
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●CFRP部品切削 重切削・高能率加工工具
  オーエスジー 滝川義寛

●高能率高送りの実現 デュアルミルシリーズ DMSW型
 住友電工ハードメタル 辻󠄀本翔太

●機械の停止時間を最小化,生産性向上
 ヘッド交換式旋削工具 クイックチェンジ NEO SWISS
 イスカルジャパン 長竹誉志

●高能率と高精度加工を実現する肩削りカッタ ショルダー6
 ダイジェット工業 津曲達也

●荒加工から仕上加工まで対応,高生産性・経済性の実現
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●平面研削における荒加工に対応する砥石
 超砥粒レジンボンドホイール・テラメイト
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■マシンガイド
 工作機械/関連機器/切削工具/作業工具
 材料/機械要素/デバイス/CAM/関連
 ソフト/測定機/計測機械

■今月のゲスト
 東鋼 代表取締役 寺島誠人さん

■今月のピックアップ
 ハードコーティング CVD/PVD
 表面処理技術の開発とその歩み
 - ハードコーティング技術・製品
 トーヨーエイテック 阿由葉 弘

■コンクリート橋梁床版内部の健全度
 を解析し可視化する技術を福岡高速
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■Event Guide
 機械加工関連催し/講習会の情報

■レポート フォルマー・ジャパン
 さいたま市に新社屋竣工

■グリーン冷媒を搭載した液温自動調整機
 OILMATIC「Cny」「Vny」シリーズ
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■電気自動車(EV)用モータステータ・
 コイルの接合用溶接システム
 編集部

■モノづくりを支える金属元素
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 第10回 ブルーの絵具「コバルト」
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■業界通信
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 ソフト「FlexSim」を導入
 ・ スギノマシン 環境配慮型原料「セルロースナ
 ノファイバ」の活用に関する技術資料を公開

■技能検定練習問題
 2022年度 第5回

■編集後記

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7 環境ビジネス

日本ビジネス出版

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環境ビジネス

2022年06月15日発売

目次: PIONEERS~開拓者たち 環境経営をイチから成功させる方法 第1回
サステナブル経営は、社員1人ひとりが〝自分事〟だと思って活動しなければ改善できないし、進まないと思います
カルビー株式会社 サステナビリティ推進本部
高木星治 氏

特集1
電気自動車の急速普及後に来る
社会変革とビジネスチャンス

スマートシティは実証から実装へ 日本の動向に世界が注目
国土交通省

MaaS・CASE時代に生まれるサービス・モビリティの在り方とは
経済産業省

モビリティだけでないEVの価値を訴求する事が普及の鍵
国際経済研究所

スマートシティ時代を睨み、資源循環型エネルギービジネスに挑む
住友商事

EVと電力システムの融合で新しい都市概念を創造
大阪大学大学院工学研究科 モビリティシステム共同研究講座 特任教授 太田豊氏

カーボンニュートラルと防災が基軸 モビリティの電化を推進
東京電力

特集2
大変革
-自動車業界で起きている変革と可能性

国内自動車メーカーの取組みに見るEV普及と日本のモビリティ変革の行方
環境ビジネス編集部

中国の45万円EVは、今の日本に求められる理想のEVだった
鈴木万治氏

注目のV2Gにおいて、先行するイギリスの実証事例を紹介
栗田路子氏

環境だけでなく、利便性が必要 車の電動化、日本と世界の動向
ボストン コンサルティング グループ

世界規模で導入が加速度的に進行 EV100%時代に備えよ
元東京大学特任教授 環境経営コンサルタント 村沢義久氏

EUの野望とドイツ自動車メーカーの展望
西村健佑氏

特集3
環境省 再エネ×電動車の同時導入を補助事業で推進
環境省 水・大気環境局 自動車環境対策課

東京都 2030年新車100% ZEV化へ 充電器とバイクの補助事業強化
東京都 環境局

小田原市 EVカーシェアリング事業で地域のエネマネを強化
小田原市

自家消費型ソーラーカーポート導入、 EV化は構内バスから
花王 和歌山工場

国内トップシェアの東光高岳 多用途対応のEV充電器を秋発売
東光高岳

EV100参加で自動車メーカーに強力なシグナルを発信
クライメート・グループ EV100 ヘッド サンドラ・ローリング氏

特別企画~大規模洋上風力発電
日本型ウインドファーム
地域経済を潤す電力ビジネス

発電事業の枠を超えて地域活性化に挑む 新事業展開で電力の付加価値を創出
環境ビジネス編集部

中長期にわたる地域の産業振興も着々 総合商社主体の洋上発電事業に期待
環境ビジネス編集部

洋上風力推進の要は人材 多様な専門人材採用と起用法
環境ビジネス編集部

特別企画~太陽光発電の今後を見据えて
FIP(Feed-in Premium)
リスクと軽減対策

新築住宅の85%に太陽光設置へ 全国初メーカー義務化
環境ビジネス編集部

公共施設の50%に太陽光発電 横浜市は65校の小中学校で導入
環境ビジネス編集部

需給バランス維持強化で新たな周辺産業が台頭
環境ビジネス編集部

太陽光発電施設の廃棄費 積立実施事業者は2割以下
環境ビジネス編集部

ニーズは先物市場 太陽光事業の安定化
環境ビジネス編集部

巻頭グラビア
仮想グリーン首都「MetaGreen」
REGAL HOTELS

プレイステーション®『Horizon Forbidden West』で、世界を緑化
ソニー・インタラクティブエンタテインメント

メタバース「日産アリアとめぐる環境ツアー」
日産自動

FOCUS
工場や倉庫の屋根上 自家消費型太陽光発電向けソリューションで最適制御
ファーウェイ・ジャパン

エネルギーの需給情報はIoEで統合・管理する時代へ
NextDrive

固形燃料(RPF)ユニットプラントで、廃棄物とCO₂を同時削減
フジテックス

COLUNMS
日本文明を環境から解き明かす 第21回「江戸湾、東京湾の謎-利根川の奇跡-」
元国土交通省 河川局長 竹村公太郎氏

日本文明を環境から解き明かす 第22回「江戸を守ったソフト・インフラ-日本堤の遊郭-」
元国土交通省 河川局長 竹村公太郎氏

Circular Economy リーディングカンパニーの挑戦
YKK AP

一見地味だが極めて厄介な外来生物アルゼンチンアリ
国立環境研究所 五箇公一氏

森田正光の一体何が問題なの!?
気象予報士 森田正光氏

2050年脱炭素社会の現場
ジャーナリスト 桃田健史氏

洋上風力発電を成功に導くために
渋谷潜水工業 渋谷正信氏

洋上風力発電コラム~シリーズ「自然の脅威に挑む」(1)”風”
日本気象 環境エネルギー部部長 高祖研一氏

水産振興コラム〈洋上風力発電の動向が気になっている〉
第5回 山形県における洋上風力発電研究・検討の歩み
前・山形県環境エネルギー部 エネルギー政策推進課 笹原和人氏

水産振興コラム〈洋上風力発電の動向が気になっている〉
第6回 洋上風力発電に係る山形県の漁業協調策の検討とりまとめ
山形県庄内総合支庁 産業経済部 水産振興課 加賀山 祐氏

水産振興コラム〈洋上風力発電の動向が気になっている〉
第7回 沖合域の漁業と浮体式洋上風力発電
全国底曳網漁業連合会 富岡啓二氏

GREEN ESSAY
在独ジャーナリスト 田口理穂氏

参考価格: 1,324円 定期購読(1年プラン)なら1冊:1,300円

環境推進のための実務誌

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